北海法国梅里埃木糖发酵管指示菌通常是肠道菌，但某些情況下其他菌群也可作为指示菌，例如，如果食品已经过热处理，但依然存在革兰氏阴性菌，说明热处理不够彻底(相对于这些细菌的起始数)或热处理后又被污染、木糖发酵管批发大肠菌群只是革兰氏阴性菌的一类，对热处理没有太灵敏的指示作用，但现在仍使用大肠菌群计数检测食品的热处理后的效果，“指标菌"一词是1977年由Ingram出，作为指示生态恃征相似的一类致病菌的可能存在的标志，同时保留了上段所定义的指示菌含义。

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