无菌样品的采集基本是为了支持、针对工厂的卫生条件状况的检查结果。
检验前的准备工作
1．包装无菌取样的工具：
拥有正确的采取产品或加工过程的无菌取样器械工具是至关重要的。除非使用合适的采集工具，否则样品的完整性会被怀疑，甚至样品毫无意义。为了避免没有合适的取样工具，建议建立一个无菌取样的分析清单，来收集取样工具。如果可能盛样品的容器在进入加工区之前应当被预先标识，像样品号、取样日期、取样人等。这样可以使在不同的工厂条件下的样品取样更为方便一些。附加样品号码一般在样品采集中被正式确定下来，因此不用预先标明。
人员的工具设施，象工作服、发网或消毒处理过的清洁的鞋靴必须具备有助于证明采集者没有污染到食物产品或样品。
2．生产线样品 In-Line Samples：
生产线样品一般是指原材料，原料生产用水、包装材料或其他任何使用在生产线的材料。
生产线样品的采集一般用来确定细菌污染源是否来自于原材料或加工序中的某些地方。
3．环境样品：
环境样品用细菌拭子，（注：细菌拭子样品不能给出/测出微生物的定时结果，因为样品非常小，显著微生物会经常丢失），棉拭子的取样部位一般来自于食品接触面，地板喷溅物。墙壁、顶部管道和检验中考察的其他潜在污染源程序，并且记录可能的联系，在环境样品来源和食物产品的污染方面，可以使样品具有意义，并且是提倡这样做的，例如：
地面喷溅水：工人从有地面污水的地方走过后又回到加工区域吗？
墙壁：墙壁上面和在制品上面有昆害虫吗？
天花板：冷凝物或喷漆有无掉落到产品上或被发现与产品相接触？
4．某些准备
干冰：（有的称为 gel backs）
如果使样品在贮运过程中保持冷却，一些种类的制冷剂是必需的。检查观看干冰袋子是否有接触，如果泄漏可能污染样品，你也可以用湿冰，湿冰可以由工厂提供，然而取样前必须清楚这一点，如果想保持样品冷冻，干冰应在检验前获得。
盒子或制冷皿：
检验员需要贮藏、运输他们的样品，如果样品不需冷冻，那么用一个盒子即可，但如果样品需要冷却，一个标准的制冷皿或保温箱是必须使用的，一般来讲制冷皿随带着一个塑料袋，样品可以放还袋子里，制冷剂象干冰，等可以放置在袋外，这样样品被冰污染的可能性就被避免了。
灭菌容器：
从塑料袋到灭菌的加仑漆桶，可以用于有锐利边面的产品如蟹、虾等。
取样工具：
取样工具包括：茶匙、角匙、尖嘴钳、fovceps tongs 量筒和烧杯，工具的类型一般由取样产品来决定。
所有取样设施和容器的灭菌日期应当被检查、灭菌时间应当在仪器设施的标签和包装上标明，一些仪器设施可以在当地实验室灭菌处理或购买灭菌仪器，在当地实验室灭菌的仪器设施一般可以保持至少两个月，过期后设施必须重新灭菌。
灭菌手套：
灭菌手套在采样中并非必须启用，如果一个产品在样品收集过程中必须被接触，那么让工厂生产线的工人来做（加工处理产品的工人），将样品放入收集容器中，既然工人在生产过程中处理接触产品，那么我们就不能认为他们对产品又有附加的污染。
当用手套时必须用一种避免污染的方式戴上，手套的大小必须适合工作的需要。
无菌棉拭子：
一般用于拭取仪器设施和工厂环境区域，使用棉拭子一般有一个正确的程序，打开棉拭子剥掉表皮，然后必须小心的放在试管头上，注意不要沾染棉拭子的外端；下一步擦拭要取样的部位，像案板头或顶部管道，然后从试管头上小心翼翼地将拭子放入——将其全部堆入直到试管中部。
灭菌全包装袋：
袋子必须购买灭菌的，使用时只需撕掉封头，用提供的地方张开袋子，将样品放入，然后将袋子顶端卷起，用线绳扎实牢；底部应当折叠两次，以便线绳不会穿透塑料袋，导致样品泄露。
当样品收集时，样品采集时的条件例如产品的温度、地点等，连同扦样样品号唛头，一并记录入检验员的注释说明中，取样的样品可以从样品号、采集日期、附加样品号，调查人和其他鉴别信息事区分。
当采集无菌样品时，一条重要的规则是：千万别污染样品。
这需要样品采集人非常小心地采集所有附加样品，确保不违反这条规则。
取样方案
微生物检验的特点是一个以小份样品的检测结果来说明一大批食品卫生质量，因此，用于分析的样品的代表性至关重要，也即样品的数量、大小和性质对结果判定产生重大影响。要保证样品的代表性首先要有一套科学的抽样方案，其次使用正确的抽样技术，并在样品的保存和运输过程中保持样品的原有状态。
一般说来，进出口贸易合同对食品抽样量有明确规定的，按合同规定抽样；进出口贸易合同没有具体抽样规定的，可根据检验的目的，产品及被抽样品批的性质和分析方法的性质确定抽样方案。目前为流行的抽样方案为ICMSF 推荐的抽样方案和随机抽样方案，有时也可参照同一产品的品质检验抽样数量抽样，或按单位包装件数N 的开平方值抽样。无论采取何种方法抽样，每批货物的抽样数量不得少于5 件。对于需要检验沙门氏菌的食品，抽样数量应适当增加，低不少于8件。
