选择培养基是用来将某种或某类微生物从混杂的微生物群体中分离出来的培养基。设计选择培养基时，主要考虑某些微生物的特殊营养需求或它们对某些化学物质具有的抗性。例如，教材中所述的以尿素为氮源的选择培养基，能选择出可以合成脲酶、分解尿素的微生物。下表列出了几种选择培养基的设计。
鉴别培养基是用于鉴别不同类型微生物的培养基。在基础培养基中，加入某种特殊的化学物质，这种物质会与某种微生物的代谢物发生反应，产生明显的特征性变化，根据这种特征性变化，就可将该种微生物与其他微生物区分开来。鉴别培养基主要用于微生物的快速分类鉴定。下表列出了几种常用的鉴别培养基。
在实际应用中，有时需要配制兼具选择作用和鉴别作用的培养基。例如，金黄色葡萄球菌可耐高浓度的NaCl，且能利用甘露糖醇产酸，可以根据这些特点来设计培养基，选择并鉴别金黄色葡萄球菌：在培养基中加入浓度为7.5%的NaCl、甘露糖醇和酸碱指示剂，金黄色葡萄球菌能够在这种培养基中生长，如果观察到有些菌落周围培养基颜色发生变化，可以推断这些菌落是金黄色葡萄球菌，之后再进行进一步鉴定。在开展本节的“探究·实践 土壤中分解尿素的细菌的分离与计数”活动时，如果在以尿素为氮源的选择培养基中加入酚红指示剂，可以初步鉴定尿素分解菌，这种培养基也是一种既有选择作用又有鉴别作用的培养基。
