一、定义不同
选择培养基是指一类根据特定微生物的特殊营养要求或其对某理化因素抗性的原理而设计的培养基。是用来从很含有少量其他微生物选出所需微生物。
鉴别培养基是鉴别是不是含有这种微生物，是指一类在成分中加有能与目的菌的无色代谢产物发生显色反应的指示剂，从而达到只须用肉眼辨别颜色就能方便地从近似菌落中找到目的菌菌落的培养基。
二、用途不同
选择培养基用于抑制大多数其他微生物的生长，或者造成有利于该菌生长的环境，一段时培养间后使得该菌成为优势菌。
鉴别性培养基用于鉴定不同微生物。
这两个概念是有交叉的，不能彻底分开。
选择培养基是在培养基中加入某种化学物质，使之抑制某些细菌生长，而利于另一些细菌的生长，从而使后者从含有杂菌的标本中分离出。鉴别培养基主要用于分离并区分不同的细菌。
如副溶血弧菌常用的高盐培养基，可以抑制某些细菌的生长从而将其筛选出来，是选择培养基，但也可以用它来区别细菌对盐的耐受性而鉴别细菌。
