选择合适的营养物质所有微生物都需要培养基含有碳源、氮源、无机盐、生长因子、水和能量。但由于微生物营养种类复杂，不同的微生物对营养物质的要求也不同，因此首先要根据不同微生物的营养需求，配制针对性的培养基。自养微生物可以合成糖类、脂类、蛋白质、核酸、维生素等复杂的有机物质。它们需要简单的有机物质，因此自养微生物的培养基可以(或应该)由简单的无机物质组成。

MS培养基中含有大量的元素、微量元素和有机物，有机物包括甘氨酸、维生素B1、维生素B2、烟酸、肌醇、蔗糖、琼脂等。尤其是植物生长调节物质如生长素和细胞分裂素，并且微生物培养基不含植物激素。MS培养基含有氨基酸如甘氨酸、碳源如蔗糖、维生素B1和维生素B6。并非所有的氨基酸都存在于微生物培养基中，有些微生物在生长发育过程中可以自行合成，可以省略。有些微生物合成能力有限，可以添加更多的氨基酸。

MS培养基中有大量的无机盐，微生物培养基需要更多的有机物。而且大部分微生物培养基都具有选择功能，N/C源中可能只有一种MS培养基，在应用中需要频繁更换，不使用微生物培养基。

在培养基中加入还原物质如抗坏血酸、硫化氢、半胱氨酸、谷胱甘肽和二硫苏糖醇可以降低F值。根据对环境微生物细胞结构的分析，环境微生物所需要的营养元素之间的关系是：水& gt碳源能源。氮源>;p/s  >。k/mg>。生长因子。

培养基中营养物质的浓度比也直接影响环境微生物的生长繁殖和代谢产物的形成积累，其中C/N比影响较大。