有各种各样的样品可用于测定3m微生物测试片。体液(如血清)、分泌物(唾液)和排泄物(如尿液和粪便)都可以作为标本来测定某些抗体或抗原成分。有些标本可以直接测定(如血清和尿液)，有些则需要预处理(如粪便和一些分泌物)。3m的微生物试片大多以血清为样本。血浆中除纤维蛋白原和抗凝剂外，其他成分与血清相等。制备血浆样本需要抗凝剂，而血清样本只有在血清自然凝固、血凝块收缩后才能获得。除特殊情况外，在医学检查中使用血清作为测试样本。在ELISA中，血浆和血清可以同等使用。血清标本可用常规方法采集，注意避免溶血。红细胞溶解时，会释放出具有过氧化物酶活性的物质。在以HRP为标记的ELISA中，溶血性样品可能会增加非特异性显色。
血清样本应在新鲜时进行检测。如果有细菌污染，细菌中可能含有内源性HRP，也会产生假阳性反应。如果放在冰箱里太久，可以聚合，间接ELISA可以加深背景。一般来说，5天以内测定的血清标本可以放在4下，超过一周测定的需要低温保存。冷冻血清融化后，蛋白质局部浓缩，分布不均。应充分混合，轻轻搅拌，以免产生气泡。可以倒着混，在混音器上应该不会强烈震荡。混浊或沉淀的血清样本应先离心或过滤，澄清后再检测。反复冻融会导致抗体效价下降，所以如果抗体检测的血清样本需要保存多次检测，宜少量包装，冰藏。保存和采集血清时，应注意无菌操作，也可加入适当的防腐剂。
