ATCC菌株在准备用于分配的菌株时，会进行大量的质量控制。(QC)检测，确保产品在达到消费者手中之前达到高标准。为了确保菌株鉴定准确，培养物质纯正，所有生化结果一致，所有菌株都经过了彻底的表型和基因型检查。为了帮助维持这些标准，QC过程中所需的所有设备和生化测试都经过了类似的评估，以确保质量。以下描述了QC分析期间ATCC菌株通常对细菌菌株进行的一些测试。
当ATCC菌株一次接收菌株时，它们会分析它们的特征菌落和细菌形态;这是通过菌落生长和革兰氏染色观察到的。此外，在血琼脂板上测试样品的培养纯度。不止一种菌落类型的存在通常并不总是表现混合文化。除纯度和形态外，还应检查菌株在糖代谢、抗生素敏感性和/或广谱生化反应方面的一致性。ATCC菌株通常使用适当的API条测试和Vitek卡，以确认细菌物种的身份。
上述两种技术在反应细胞中使用了20多种不同的生化测试来评估细菌菌株的生长和活力。30API条测试通过手动微法表示细菌身份，该方法根据单个生化分析的反应生成七位数代码。该代码是一个与特定细菌类型相关的标志符号。相比之下，Vitek系统提供了一种基于计算机的自动物种识别方法，通过测量与每种生化反应相关的光衰减。对于后一个系统，ATCC菌株需要30,31≥90%的生物识别概率。
