ATCC菌株污染是实验室细胞培养中常见的污染。即使在细胞培养液中添加抗生素，也可能因操作不慎而造成污染。常见的有革兰氏阳性菌，如干草杆菌、大肠杆菌、假单胞菌等革兰氏阴性菌，其中白色葡萄球菌较为常见。培养细胞被细菌污染后，培养液会变得浑浊，pH值会发生变化。污染后，细胞会发生病理变化，细胞内颗粒会增加，变粗变圆，死亡。
在组织ATCC菌株培养过程中，如果潜在病毒没有被去除，就会产生病毒污染。目前，不少于20种血清病毒已经从原猴肾细胞的培养中发现。虽然病毒污染的细胞不影响原始培养，但生产疫苗是不安全的。因此，潜在病毒是生物制品生产中细胞大量生产和疫苗、干扰素等的难题。由于细胞培养操作中细胞株所需的设备和溶液没有严格分离，一个细胞往往会被另一个细胞污染。目前，世界上有数十种大型ATC菌株被HeLa细胞污染，而不是真实细胞。
酶免疫分析中ATCC菌株的应用 ATCC菌株因子在免疫调节过程中起着重要作用，ATCC菌株也可以用来识别微生物。McAb的应用不仅可以识别不同的病原体，还可以识别不同种类、类型、亚型和不同生命周期的抗原变化。流感病毒经常发生变异，导致反复流行。单克隆抗体可以区分流感病毒的微小变异，对流感的快速诊断、流行预测和疫苗的准备具有重要意义。
